O município teve sua origem em uma aldeia de índios denominada "Mayrahú", cujo significado na língua indígena é "Luz do Sol ao Amanhecer", descoberta em 1705 pelos frades capuchinhos italianos. A tribo indígena existente chamava-se "Mayra". Não se sabe a época do seu descobrimento nem a que ramo pertencia. Por ordem da Coroa, o bandeirante João Gonçalves da Costa, construiu uma estrada denominada "Estrada da Nação". O movimento por esta estrada concorreu para o contrabando do "Quinto de Ouro", o que deu origem à criação do Povoado dos Funis, local onde a estrada bifurcava em direção a Camamu e à Vila de Barra do Rio de Contas, hoje cidade de Itacaré. Para dificultar o contrabando pela estrada, que passava no sertão da fazenda Ressaca, foi edificada neste local, a cidade de Vitória da Conquista. Assim Mayrahú teve o seu registro de impostos forçado pelas necessidades de arrecadação do Quinto da Coroa. O Distrito de Mayrahú foi criado em 1718, e a capela construída pelos frades, sendo benfeitor o capitão-mor José Ribeiro Torres. Foi elevada à categoria de Freguesia, com o nome de São Sebastião de Mayrahú, pelo arcebispo Dom Sebastião Monteiro da Vide, no mesmo ano. Em 1756, a relação das Povoações e Sítios da Freguesia de São Sebastião de Mayrahú foi feita pelo vigário Pedro do Espírito Santo. Diz que a sede possuía 26 fogos e 1130 pessoas de comunhão. A freguesia foi elevada à categoria de vila, por ordem do Governo Provisório que se seguiu ao de D. Antonio de Almeida Soares e Portugal, 3º Conde de Avintes, em 17 de junho de 1761, sendo instalada pelo Ouvidor Geral da Bahia, Dr. Luiz Freire Deveras, em 23 de julho do mesmo ano. Nesta mesma data, foi criada a Vila de Mayrahú. Nos anos de 1860 a 1864, o Reino Unido da Inglaterrra ganhou uma concorrência para a instalação de uma usina de destilação de querosene, extraído da turfa a partir da nafta, e também, para a extração do xisto betuminoso em Marau. A empresa foi instalada às margens do Rio Marau. A versão popular é de que a usina chamava-se John Grant, mas o roceiro, encontrando dificuldades com a pronuncia, abrasileirou para João Branco. Instalada a usina de João Branco, com todos os requisitos de uma grande refinaria, custou à Coroa Inglesa 600 mil libras esterlinas. A mesma, empregou cerca de 500 operários. Possuía uma estrada de ferro interna, por onde rodavam duas locomotivas. Na referida usina, onde era destilado o querosene, fabricavam-se velas de espermacete, sabão, ácido sulfúrico e papel encerado, para acondicionar alimentos. Preparavam-se para a fabricação de celulose, no grande Parque Industrial de Marau. As atividades da Companhia Internacional de Marau foram paralisadas. A usina deixou de funcionar devido a uma greve do seu pessoal, tendo como conseqüência uma sucessão de crimes. A agitação atingiu tamanhas proporções que Mister Grant disparou um tiro em um operário, matando-o. Foi julgado por isto, mas absolvido. Preferiu retirar-se da Bahia e fechar a fábrica. Segundo o escritor Maurício Vistman, em seu livro O petróleo no império e na república, a verdade é outra. O fracasso foi de ordem política e social. Hoje na localidade ainda chamada João Branco, encontram-se as ruínas da fábrica e os trilhos da ferrovia. Por paradoxo do destino, perto do local onde fora o grande Parque Industrial, foi descoberto um depósito de gesso considerado o maior do mundo pelo truste inglês do cimento Portland. Hoje, tal depósito pertence ao grupo de cimento Mauá. Pelo Decreto Lei nº 10.724 de 30 de março de 1938, a Vila foi elevada à categoria de Cidade. O Município de Marau está localizado em uma península, denominada Península de Marau, zona na qual foi implantada uma Área de Proteção Ambiental - APA, totalizando um perímetro de 212 Km2 em uma área de aproximadamente 21.200 ha.
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