Vice-campeão neste ano, o Bahia será cabeça de chave da Copa do Nordeste em 2016, assim como Ceará, Sport, ABC e América-RN. O pote 2 tem Santa Cruz, Fortaleza, Sampaio Corrêa, CRB e Salgueiro. Outro representante baiano, o Vitória da Conquista está no pote 3 com Botafogo-PB, Campinense, Confiança e Coruripe. Já a Juazeirense, que vai fazer sua estreia na competição regional, ficou com Flamengo-PI, River, Imperatriz e Estanciano no pote 4. O Vitória está fora. O sorteio dos grupos será dia 24, em Natal. Os 20 clubes formarão cinco grupos de quatro. O torneio vai de 14 de fevereiro a 1º de maio de 2016. Na primeira fase, os clubes se enfrentam dentro do grupo no sistema de ida e volta. O líder de cada grupo mais os três melhores segundos colocados se classificam para a fase de mata-mata da competição. O Campeão garante uma vaga na fase nacional da Copa Sul-Americana.